Отличия от оригинального МК2:
- Игра теперь имеет разрешение экрана 800x508
- Присутствуют режимы игры присущие Mugen.
- Добавлен Versus скрин.
- Smoke, Jade, Noob Saibot теперь доступны для выбора.
- Shang Tsung может превращатся в боссов.
- Новые спрайты и спецэффекты.
- Четыре вида альтернативной раскраски бойцов.
- Добавлены две новых арены: Scorpion's Lair и Sky Temple.
- Арена Wasteland стала более детализирована.
- Авто-блок при удержании клавиши "назад" (как в Street Fighter).
- Бойцы теперь могут бегать и делать комбо (как в MK3).
- Созданы новые приемы.
- Добавлены добивания: Mercy и Brutality.